Next generation sequencing (NGS)
| 名称 | 定义 | ||
| Pathway | specifies graph information stored in the KEGG pathway map | 代谢通路图 | path:ko00010 |
| Entry | The entry element contains information about a node of the pathway. | 节点信息 | |
| Component | a subelement of the entry element, and is used when the entry element is a complex node; namely, when the type attribute value of the entry element is “group”. | 组件，一个复杂的节点，比如节点为Group类型时，包含的节点，可以存放到组件中 | |
| Graphics | a subelement of the entry element, specifying drawing information about the graphics object. | 节点在图位信息 | |
| Relation | relationship between two proteins (gene products) or two KOs (ortholog groups) or protein and compound, which is indicated by an arrow or a line connecting two nodes in the KEGG pathways. | 节点之间的关系 | |
| Subtype | more detailed information about the nature of the interaction or the relation. | 节点之间关系的更详细信息 | |
| Reaction | chemical reaction between a substrate and a product indicated by an arrow connecting two circles in the KEGG pathways. | 在KEGG通路中，用两个圆圈加箭头表示底物与产物之间的化学反应。 | rn:(accession)rn:R02749 |
| Substrate | the substrate node of this reaction. | 反应的底物 | cpd:(accession) gl:(accession) |
| Product | the product node of this reaction. | 产物 | cpd:(accession) gl:(accession) |
| Alt | the alternative name of its parent element. | 别名 | cpd:(accession) gl:(accession) |
2011年即将结束，也切好有些空闲，对这一年进行些终结与反思。这一年，乔布斯走了，每个人的生命都是有限的， 生的意义都需要常常的反思。
前几年，学习中心一直在计算机方面，软件工程、团队管理、数据库、系统管理、编程语言、前端开发等等，以前想做的事情，现在都可以做了，而在具体的某个方面再向前突破，由于缺少一些环境，所以动力不足。
而今年给自己订的主题是“突围”，如何突围，当反思使命与归属的时候，必然又回到了生物信息领域本身。这些年也一直在做着各种生物信息方面的数据库应用系统的开发，而环顾我接触的方方面面，其实都可以和数据库应用系统发生关联，而目前飞速发展的测序产业，也必将带动数据库应用系统的开发，这些数据得到了，但是如何来管理，如何来应用？以及结合自身的特点，建立不同的主题数据库的需求也会很多，所以突破的方向，也就是我博客围绕的主题，数据库信息系统，当然数据分析流程、现有系统的集成、各种模块的学习都必然有所关联。 Continue reading
直系同源的基因通常具有相似的生物学功能，所以我们在进行一个未知序列的功能的鉴定的时候，其实质在找功能已知的同源基因。功能基因组的研究过程中，对于两个或者多个物种的同源基因进行鉴定，是功能基因鉴定、比较基因组、功能基因分类、pathway预测等待的基础。
对于基因组序列进行分析时，首要的事情就是去除重复序列，本文详细介绍重复序列的种类，标记重复序列的流程，使用的工具，以及总结目前网上的数据库、wiki文档资源。
RNA-seq对于两个处理样本进行分别测序，现在需要比对这两个测序结果的差别，使用CAP3，仍然是一个不错的选择。另外一个用途就是对于不断增加的转录组数据进行拼接，建立UniGene。
Huang, X. 和 Madan, A 开发的一套用于序列拼接的软件,此软件适用于小的数据集或 EST 拼接,它有如下特征：
下载地址http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html。下载操作系统，下载相应版本的，加压后，就可以使用。
CAP3 详细参考文档可见http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/capdoc.html Continue reading
数据库充斥着生物信息的每个角落，要数清楚这个主题，首先要解释一下，在不同场合下“数据库”的不同含义，主要包含4个方面：
数据库管理系统（Database management systems , DBMSs)是管理数据的软件系统，比如Oracle、MySQL、PostgreSQL、Sybase、DB2、MS SQL等等，其是数据库的容器，是管理数据库综合软件系统。
数据库模式指特定数据库的设计，也就是其内容的组织方式，就关系型数据库来说，就是其表、表中的列，以及表之间关系的设计。其可以在不同的数据库管理系统中实现，可以重复使用，构建不同的数据库应用。
常被我称为数据库信息系统，其后台以数据库作为支撑，所有信息都存储在数据库中，通过网页提供访问接口，实现对信息的查询管理，构成一个容易交互的信息系统。生物信息领域内常见的如s FlyBase (http://flybase.org) ，ParameciumDB (http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr)等。常说的生物信息数据库资源，也通常指的是该类别的数据库。 Continue reading
这两天在读乔布斯传，更多的了解了苹果，一条通向未来的光明大道展现在我眼前，改变世界，引领潮流，平凡的我们也应该做更多的反思。以科研为使命的研究人员，或者以服务为目的生物信息产业工人，无论是科研还是服务，其本质都是创造更多的价值，获得更多的物质或者精神上的财富。而在这个历史的洪流中，如何定位自己，如何能抓住机遇，成就一番事业。 Continue reading
汇总，将各种格式转换为GFF格式的脚本。这些脚本分散在不同的软件包中，可以根据需要下载使用。
基因组的某位置，会发生突变，或者说对于多个物种的个体进行测序的话，会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基，而应该用频率表示，ACTG出现的频率，如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性，我们就将这个位置称为SNV，现在GBrowse中展示这些SNV，不仅是其位置，还要展示各个碱基出现的频率。
根据Bio::Graphics中对于image的解释：可以传入一个url或者本地的路径，我想能不能创建一个动态画图的URL，其可以根据传入的参数，生成一个饼状的比例图，然后再配置文件中，动态生成image的url地址，如下： Continue reading